Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo tỉnh Hà Tĩnh được thành lập theo Quyết định 162/QĐ-TTg ngày 19/10/2007 của Thủ tướng Chính Phủ. Để quản lý nhà nước về Hải quan tại Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo, ngày 6/4/2010, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành quyết định 725/QĐ-BTC thành lập Chi cục Hải quan Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo.

Tuy nhiên, từ khi Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 có hiệu lực từ ngày 1/9/2016, với quy định tại Khoản 1 Điều 4 của Luật thì “Khu phi thuế quan phải có ranh giới địa lý xác định, ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng”.

Theo đó, Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo không còn đáp ứng đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi Khu phi thuế quan, không còn được hưởng các chính sách thuế đối với hàng hóa, dịch vụ như trước đây.

Vì vậy, việc trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo với nội địa không còn là mối quan hệ xuất, nhập khẩu. Khối lượng công việc tại Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo gần như không còn nên không cần thiết phải duy trì hoạt động của Chi cục Hải quan Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo.